Ενώ οι μηχανές ετοιμάζονται να εισβάλουν στην πόλη Ζάιον, τελευταίο καταφύγιο του ανθρώπινου είδους, ο Νίο επιχειρεί να φτάσει στην πηγή του Μάτριξ, για να πείσει ότι ο κοινός εχθρός τους είναι ο πράκτορας Σμιθ, ένα πρόγραμμα που έχει ξεφύγει από κάθε έλεγχο και απειλεί με αφανισμό τα πάντα.