2043: Ένας θανατηφόρος ιός έχει αφανίσει το 93,6% της ανθρωπότητας. Ο Cole ταξιδεύει στο χρόνο και καταφθάνει στο 2015. Αποστολή του είναι να εντοπίσει και να εξολοθρεύσει τον ιό, η προέλευση του οποίου συνδέεται με την αινιγματική οργάνωση «Στρατός των 12 Πιθήκων». Στην προσπάθειά του αυτή, θα έχει τη βοήθεια της διακεκριμένης ιολόγου Dr. Cassandra Railly και της ιδιοφυούς αλλά ανισόρροπης μαθηματικού Jennifer Goines. Θα μπορέσει ο Cole να σώσει το μέλλον της ανθρωπότητας ή η μοίρα της είναι προδιαγεγραμμένη;