Μετά την απόδραση από τον ξένο πλανήτη, το σκάφος που μεταφέρει την Ρίπλεϊ συγκρούεται με έναν απομονωμένο και έρημο πλανήτη. Η Ρίπλεϊ αιχμαλωτίζεται από μια θρησκευτική αίρεση που αποτελείται από δολοφόνους και βιαστές. Την ίδια στιγμή στον πλανήτη το Αλιεν έχει καταφέρει να αναπτυχθεί σε μια νέα φονική μορφή και επιτίθεται στους ανυπεράσπιστους κρατούμενους. Η Ρίπλεϊ γρήγορα ανακαλύπτει με τρόμο ότι ο πραγματικός κίνδυνος είναι πολύ μεγαλύτερος.